بررسی تنوع ژنتیکی Eurygaster integriceps در استانهای مختلف ایران
پذیرفته شده برای ارائه شفاهی
کد مقاله : 1119-25IPPC
نویسندگان
کارشناس موسسه تحقیقات گیاه پزشکی کشور
چکیده
(Eurygaster integriceps Put.; Het.: Scutelleridae) مدتهاست که تهدیدی قابل توجه برای اقتصادهای منطقه و امنیت غذایی محسوب میشود. تأثیر این آفت بر محصول گندم منجر به تحقیقات گسترده در زمینه بیولوژی، اکولوژی و استراتژی های مدیریتی آن شده است. درک تنوعژنتیکی این گونه برای توسعه اقدامات کنترل هدفمند و تلاشهای حفاظتی بسیار مهم است. در این مطالعه تنوعژنتیکی جمعیتهای این آفت از استانهای مختلف با مقایسه توالی ژن سیتوکروم اکسیداز I مورد بررسی قرار گرفت. ژنوم هر یک از حشرات بالغ با استفاده از دستور العمل کیت Sina PureTM DNA kit استخراج شده و با استفاده از جفت پرایمر به وسیله واکنش PCR تکثیر شدند. ردیفسازی ابتدایی توالیهای ویرایش شده با نرمافزارِ ClustalW انجام شد. در مرحله بعد توالیها بهصورت دستی در نرمافزار BioEdit ادیت شدند. قطعههای توالییابی شده با توالی نوکلئوتیدهای استخراجی از بانک ژن مرکز ملی اطلاعات ژنتیکی (NCBI) مورد مقایسه قرار گرفته و درخت فیلوژنیک به روش پیوند همجواری ترسیم گردید. پارامترهای ژنتیکی مربوط به هفت هاپلوتیپ موجود در این جمعیتها که میتواند به انعطافپذیری گونه در برابر تغییرات محیطی و فشارهای انتخابی کمک کند، مورد بررسی قرار گرفت. تنوع هاپلوتییی و تنوع نوکلئوتیدی در تمام جمعیتها به ترتیب معادل 825/0 ، 00389/0 محاسبه گردید. مقایسه توالیها نشان دهنده وجود پنج جایگاه پلیمورفیک در بین جایگاههای مورد مطالعه بود. نتایج گروهبندی جغرافیایی نشان داد که مناطق شمالی کشور تنوع هاپلوتییی بیشتری نسبت به سایر مناطق دارد. این پدیده را میتوان به اثرات ترکیبی، افزایش در دسترس بودن منابع، فشارهای انتخابی متغیر، تسهیل جریان ژن و سایر عواملی نسبت داد، که در مجموع به تکثیر هاپلوتیپ ها کمک میکنند.
کلیدواژه ها
Title
Investigating the genetic diversity of Eurygaster integriceps in different provinces of Iran
Authors
Fatemeh Abdolahadi
Abstract
(Eurygaster integriceps Put.; Het.: Scutelleridae) has long been considered a significant threat to regional economies and food security. The impact of this pest on the wheat crop has led to extensive research on its biology, ecology and management strategies. Understanding the genetic diversity of this species is important for developing targeted control measures and conservation efforts. In this study, the genetic diversity of populations of this pest from different provinces was investigated by comparingthe cytochrome oxidase I gene sequence. The genome of each adult insect was extracted using the recipe of Sina PureTM DNA kit and amplified by PCR reaction using primer pairs. Initial alignment of edited sequences was done with ClustalW software. In the next step, the sequences were manually edited in BioEdit software. The sequenced fragments were compared with the nucleotide sequence extracted from the gene bank of the National Center for Genetic Information (NCBI) and the phylogenic tree was drawn using the neighbor-joining method The genetic parameters related to seven haplotypes in these populations, which can contribute to the flexibility of the species against environmental changes and selective pressures, were investigated. Haplotic diversity and nucleotide diversity in all populations were calculated as 0.825 and 0.00389, respectively Comparing the sequences showed the presence of five polymorphic loci among the studied loci. The results of geographical grouping showed that the northern regions of the country have more haplotype diversity than other regions. This phenomenon can be attributed to the combined effects, increased availability of resources, variable selection pressures, facilitation of gene flow and other factors, which contribute
to the proliferation of haplotypes
to the proliferation of haplotypes
Keywords
Sunn Pest, population, Cytochrome Oxidase, haplotyp