شناسایی فیتوپلاسمای همراه با جاروک و ریز برگی بید مجنون و جاروک سنجد در استان خراسان رضوی
پذیرفته شده برای پوستر
کد مقاله : 1172-25IPPC
نویسندگان
1دانشجوی کارشناسی ارشد دانشگاه فردوسی مشهد
2دانشگاه فردوسی مشهد، دانشکده کشاورزی گروه گیاهپزشکی
3استادیار بخش تحقیقات گیاهپزشکی، مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی استان خراسان رضوی
چکیده
درخت بید مجنون (Salix babylonica) و درخت سنجد (Elaeagnus angustifolia L.) از گونههای رایج مورد استفاده در فضای سبز شهری و پارکها هستند. هر دو گونه دامنه بردباری اکولوژیکی وسیعی از خود نشان داده است و در شرایط اکولوژیکی متفاوتی سازگار شده اند. با بازدیدهای انجام شده در تابستان سال 1402، علائم ریزبرگی، فلسی شدن برگها، زردی، جاروک، سرخشکیدگی شاخهها و زوال عمومی در برخی از درختان بید مجنون و سنجد در فضای سبز دانشگاه فردوسی مشهد در استان خراسان رضوی مشاهده شد. از این نمونهها دی. ان. ای کل استخراج و جهت بررسی آلودگی فیتوپلاسمایی آنها، از روش واکنش زنجیرهای پلیمراز آشیانه ای (Nested-PCR) و جفت آغازگرهای عمومی P1/P7 و آغازگرهای آشیانهای R16F1/R16R0 و آغازگر R16mF2/Ru3 بترتیب برای ردیابی فیتوپلاسما در بید مجنون و سنجد استفاده شد. محصول واکنش زنجیرهای پلیمراز پس از الکتروفورز با پروتکل شرکت Favorgen از ژل آگاروز استخراج و تعیین توالی شد. توالیهای نهایی در بانک ژن با رس شمار PP830930 برای فیتوپلاسمای همراه با با جاروک بید مجنون و رس شمار PP814977 برای فیتوپلاسمای همراه با با جاروک سنجد در بانک ژن ثبت شدند. آنالیز فیلوژنی قطعات توالی یابی شده به همراه دیگر توالیهای فیتوپلاسمایی مشابه موجود در بانک ژن انجام شد و چند شکلی طولی قطعات حاصل از هضم (RFLP) مجازی محصول PCR نیز با برنامه برخط iPhyClassifie بررسی شد. در تمام نمونههای دارای علائم با آغازگرهای R16F1/R16R2، قطعهای به طول تقریبی 1300 جفت باز تکثیر شد در حالیکه این قطعه از دی. ان. ای استخراج شده از گیاهان بدون علائم همانند سازی نشد. جست و جوی قطعه توالی یابی شده با برنامه بلاست در بانکژن، نشان داد که فیتوپلاسمای همراه با جاروک و ریزبرگی بید مجنون و جاروک سنجد به میزان 99 درصد با فیتوپلاسمای زردی مینا (Aster yellows phytoplasma,16SrI) همانندی دارد. در درخت فیلوژنتیکی ترسیم شده با استفاده از نرم افزار MEGA7 نیز فیتوپلاسمای همراه با جاروک و ریزبرگی بید مجنون و جاروک سنجد با فیتوپلاسماهای گروه 16SrI فیتوپلاسما در یک شاخه قرار گرفت. RFLP مجازی بدست آمده از قطعات تکثیر شده از بید مجنون و سنجد بیشترین شباهت را با زیرگروه B از گروه 16SrI فیتوپلاسما (شماره دسترسی AP006628) با ضریب شباهت 94/0 داشت. بنابراین با توجه به معیارهای موجود و ضریب شباهت RFLP کمتر یا مساوی 97/0، این سویه یک زیرگروه جدید در گروه 16SrI فیتوپلاسما است.
کلیدواژه ها
Title
Identification of Phytoplasma associated with Witch's Broom of Salix babylonica and Elaeagnus angustifolia in Khorasan Razavi Province
Authors
Sadegh Ghassabi Kisomi, Mohammad Zakiaghl, Sara Gharouni-Kardani, Mohsen Mehrvar
Abstract
Salix babylonica (weeping willow) and Elaeagnus angustifolia (Russian olive) are common species used in urban green spaces and parks. Both species have shown a wide range of ecological tolerance and have adapted to different ecological niches. During the summer visits in 2023, symptoms such as stunting, leaf scaling, yellowing, witch's broom, dieback and general decay were observed in some trees of Salix babylonica and Elaeagnus angustifolia in the green area of Ferdowsi University of Mashhad in Khorasan Razavi province. Total DNA was extracted from these samples and Nested-PCR with universal primers P1/P7 and nested primers R16F1/R16R0 and R16mF2/Ru3 was used to detect phytoplasmas in Salix babylonica and Elaeagnus angustifolia, respectively. The PCR product was extracted from the agarose gel after electrophoresis using the Favorgen protocol and sequenced. The final sequences were deposited in Genbank under accession number PP830930 for the phytoplasma associated with Salix babylonica witch's broom. and PP814977 for the phytoplasma associated with Elaeagnus angustifolia witch's broom. The sequenced fragments were subjected to phylogenetic analysis together with other similar phytoplasma sequences in Genbank, and the virtual RFLP of the PCR product was also analyzed using the online program iPhyClassifier. A fragment of about 1300 base pairs was amplified in all symptomatic samples, whereas this fragment was not amplified in the DNA extracted from asymptomatic plants. A blast search of the sequenced fragment in Genbank showed that the phytoplasma associated with witch's broom of Salix babylonica and Elaeagnus angustifolia had 99% similarity to the Aster yellows phytoplasma (16SrI). In the phylogenetic tree constructed using MEGA7 software, the phytoplasma associated with witch's broom of Salix babylonica and Elaeagnus angustifolia was assigned to the 16SrI phytoplasma group. The in silico RFLP obtained from the amplified fragments of Salix babylonica and Elaeagnus angustifolia showed the highest similarity to subgroup B of the 16SrI phytoplasma with a similarity coefficient of 0.94 (accession no. AP006628). Therefore, considering the existing criteria and the RFLP similarity coefficient of 0.97 or less, this strain is a new subgroup within the 16SrI phytoplasma group.
Keywords
Phylogenetic analyses, Salix babylonica, Elaeagnus angustifolia, Phytoplasma, Aster yellows, new subgroup