مطالعه فیلوژنتیکی 28S rRNA برخی گونه های Laelapidae بر اساس Hypoaspis maryamae

پذیرفته شده برای پوستر
کد مقاله : 1260-25IPPC (R1)
نویسندگان
1ندارم
2عضو هیات علمی
چکیده
ژن هسته‌ای 28S rRNA (28S rDNA) کارآمدی خود را در تشخیص واگرایی عمیق و اخیر، از جمله در کنه‌ها، اثبات کرده‌است. خانواده Laelapidae (Acari: Mesostigmata) گروه متنوع و گوناگونی از کنه‌ها هستند که در شناسایی تاکسونومیک آن‌ها مشکلات زیادی وجود دارد. در پژوهش کنونی، توالی‌های ژن 28S rRNA خانواده Laelapidae از NCBI در قالب فایل FASTA بازیابی و توالی 28S rRNA از گونه Hypoaspis maryamae با کد دسترسی MH824151 که در پژوهش‌های قبلی در ایران شناسایی شده‌بود، به فهرست این ژن‌ها اضافه شد. به دلیل تعداد زیاد توالی‌های موجود در این خانواده، تحلیل تمامی توالی‌ها امکان‌پذیر نبود. به همین دلیل، از هر گونه‌ی ثبت‌شده در پایگاه داده، یک توالی به عنوان نماینده برای تحلیل‌های فیلوژنتیکی انتخاب شد. کل داده‌ها شامل 60 گونه از کنه‌های خانواده Laelapidae متعلق به 25 جنس بود. تحلیل فیلوژنتیکی بر اساس توالی‌های نوکلئوتیدی با استفاده از نرم‌افزار تحلیل تکامل مولکولی و ژنتیکی MEGA 11.0.13 و با الگوریتم ClustalW و روش همسایه-اتصال (neighbor-joining) یا NJ با 1000 تکرار bootstrap انجام شد. نتایج این تحقیق نشان داد که تمام نوکلئوتیدهای 28S به پنج گروه مختلف تقسیم شدند که به عنوان گروه I تا گروه V در نظر گرفته شدند. همه گونه‌ها به این گروه‌ها تعلق داشتند، به جز Andreacarus zumpti، Euandrolaelaps sp. و Hypoaspis rosei که در هیچ گروهی قرار نگرفتند. گروه‌های III و V به ترتیب 3 و 5 عضو داشتند، در حالی که چهار گونه در گروه‌های II و IV دسته‌بندی شدند. گروه I بزرگترین گروه بود که سایر گونه‌ها (n=41) به این گروه تعلق داشتند. Hypoaspis maryamae در گروه I با ارتباط نزدیک با Ichoronyssus miniopteri و Hymenolaelaps sp. طبقه‌بندی شد. این نتایج به همراه تفسیرهای پژوهش حاضر نشان داد که در گونه‌های متعلق به خانواده Laelapidae، 28S rRNA ها بسیار مشابه به هم هستند ولی تفاوت‌هایی دارند که این خانواده را پیچیده می‌کند.
کلیدواژه ها
 
Title
Phylogenetic Study of 28S rRNA of Some of Laelapidae species based on Hypoaspis maryamae
Authors
Vahid Reza Farmahiny Farahani, Samin Seddigh
Abstract
The nuclear 28S rRNA gene (28S rDNA) has proved its usefulness on both deep and recent divergences, including mites. The family Laelapidae (Acari: Mesostigmata) is a diverse and varied group of mites which pose major problems in their taxonomic identification. In current research, the 28S rRNA sequences of Laelapidae family were retrieved from NCBI in FASTA format and 28S rRNA of Hypoaspis maryamae with accession number MH824151 which were identified in previous research in Iran added to the list. Due to the large number of sequences available in this family, analyzing all the sequences is not feasible. Consequently, one sequence from each species was selected as their representatives for phylogenetic analyses. Total data consisted of 60 laelapid species belonging to 25 genera. Phylogenetic analysis was conducted based on the nucleotide sequences using the Molecular Evolutionary Genetic Analysis; version 11.0.13 (MEGA 11.0.13 software) with the ClustalW algorithm, and the neighbor-joining (NJ) method with 1000 bootstrap replications. The results of current research showed that all 28s nucleotides were separated into five different parts, considered as Group I to Group V. All the species belonged to the groups except Andreacarus zumpti, Euandrolaelaps sp. and Hypoaspis rosei which were excluded from any groups. Groups III and V had 3 and 5 members, respectively, while four species categorized in groups II and IV. Group I was the biggest group, to which the other species belonged to this group (n=41). Hypoaspis maryamae classified in group I with a close relationship to Ichoronyssus miniopteri and Hymenolaelaps sp.. These outcomes along with the interpretations of current research suggested that, in species belonging to the Laelapidae family, 28S rRNAs are very similar to each other but have some differences which make this family complicated.
Keywords
28S rRNA, Hypoaspis maryamae, Phylogenetic analysis, Laelapidae