تعیین استرین ویروس کوتولگی گندم در مزارع غلات استان همدان

پذیرفته شده برای پوستر
کد مقاله : 1625-25IPPC
نویسندگان
1دانشجوی کارشناسی ارشد گروه گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه بوعلی سینا، همدان، ایران
2استادیار گروه گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه بوعلی سینا، همدان، ایران
چکیده
ویروس کوتولگی گندم (Wheat dwarf virus, WDV) از خانواده Geminiviridae و دارای ژنوم از نوع دی‌ان‌ای تک لا است. این ویروس دارای دو استرین گندم (WDV-W) و جو (WDV-B) می‌باشد که این تقسیم بندی بر اساس سازگاری با میزبان صورت گرفته است. ترادف نوکلئوتیدی این دو سویه ۸۳ تا ۸۴ درصد شباهت دارند. به منظور تعیین استرین این ویروس در مزارع غلات استان همدان در سال‌های زراعی ۱۴۰۱ و ۱۴۰۲، از گیاهان گندم و جو دارای علائم زردی و کوتولگی مزارع شهرستان‌های ملایر، تویسرکان، نهاوند، همدان، لالجین، بهار، اسدآباد، فامنین، کبودرآهنگ و رزن نمونه‌برداری انجام شد. استخراج دی ان ای کل از برگ‌های دارای علائم با استفاده از بافر CTAB انجام شد. آزمون PCR با استفاده از یک جفت آغازگر غیراختصاصی که قادر به تکثیر هر دو استرین ویروس کوتولگی گندم می‌باشند و قطعه‌ای با اندازه ۸۴۷ جفت باز از ژنوم WDV را تکثیر می‌کنند، انجام شد. قطعات تکثیر شده در آزمون PCR تعیین ترادف شدند. مقایسه ترادف نوکلئوتیدی این ناحیه از ژنوم جدایه های استان همدان با سایر جدایه های موجود در بانک ژن مشخص کرد که این جدایه‌ها بیشترین میزان شباهت را با جدایه‌های سویه WDV-W با ۹۶ % تا ۹۹ % تشابه دارند . شباهت جدایه‌های همدان با جدایه‌های سویه WDV-B بین ۸۴٪ تا ۸۶٪ است. دندروگرام حاصل از مقایسه ترادف نوکلئوتیدی و ترادف اسیدآمینه‌ای سه جدایه استان همدان (FMN, KBA, RAZ) با ۲۵ ترادف موجود در بانک ژن مشخص نمود که جدایه‌های ایرانی در دو گروه قرار می-گیرند. بدین گونه که پنج جدایه از چین، جدایه فرانسه، دو جدایه از سوئد، جدایه شهرکرد، جدایه بوانات، دو جدایه از خوزستان، دو جدایه از ایران و جدایه‌های استان همدان در گروه WDV-W قرار گرفتند. سه جدایه از مجارستان، جدایه بلغارستان، جدایه مرودشت، دو جدایه از ایران، جدایه خراسان رضوی به همراه دو جدایه از خوزستان در گروه WDV-B قرار گرفتند. اما استرین WDV-B در مزارع غلات استان همدان ردیابی نشد.
کلیدواژه ها
 
Title
Determining wheat dwarf virus strain in cereal fields of Hamadan province
Authors
Fatemeh Tajook, Arezoo Pakdel
Abstract
Wheat dwarf virus (WDV), is a member of Geminiviridae with a ssDNA genome. This virus has two strains of wheat (WDV-W) and barley (WDV-B), which was divided based on host compatibility. These two strains have 83 to 84% similarity at the nucleotide level. To determine the strain of this virus in the cereal fields of Hamadan province, wheat and barley plants with symptoms of dwarfing and yellowing were sampled from the fields of Malayer, Tuyserkan, Nahavand, Hamedan, Lalejin, Bahar, Asadabad, Famenin, Kabudrahang and Razan counties during growing seasons of 2022 and 2023. Total DNA was extracted from the leaves using CTAB buffer. PCR was performed using a pair of non-specific primers which amplify an 847 bp fragment of the genome of two strains. The amplified fragments were sequenced. Comparison of the nucleotide sequences of this region of the genome of Hamedan isolates with other isolates in the gene bank revealed that these isolates have the highest similarity with WDV-W strain with 96% to 99% similarity. The similarity of Hamedan isolates with the isolates of WDV-B strain was between 84% to 86%. The dendrogram obtained from the nucleotide and amino acid comparison of three isolates from Hamedan province (FMN, KBA, RAZ) with 25 isolates in the gene bank, indicated that Iranian isolates fall into two groups. Five isolates from China, France isolate, two isolates from Sweden, Shahrekord isolate, Bavanat isolate, two isolates from Khuzestan, two isolates from Iran and three isolates from Hamadan province were placed in WDV-W group. Three isolates from Hungary, Bulgaria isolate, Marvdasht isolate, two isolates from Iran, Khorasan Razavi isolate and two isolates from Khuzestan were placed in WDV-B group. But WDV-B was not detected in cereal fields of Hamedan province.
Keywords
nucleotide sequence, PCR, WDV-W