بررسی نوکلئوتیدی گونه‌های گزارش شده جنس Neopastalotiopsis در ایران

پذیرفته شده برای پوستر
کد مقاله : 1887-25IPPC (R1)
نویسندگان
1بخش گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه جیرفت، جیرفت، ایران
2پژوهشگر پسادکتری گروه گیاهپزشکی، دانشکده علوم کشاورزی، دانشگاه گیلان، رشت ایران
3گروه گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه جیرفت، جیرفت،
4گروه گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه جیرفت، جیرفت، ایران
چکیده
گونه‌های جنس Neopestalotiopsis در محیط‌های مختلف به صورت بیمارگرهای گیاهی و انسانی، اندوفیت و ساپروفیت قادر به رشد هستند. به منظور تجزیه و تحلیل فیلوژنتیکی و بررسی نوکلئوتیدی ناحیه ژنی tef-1 این جنس، توالی گونه‌های گزارش شده این جنس در ایران با توالی‌های معتبر غیر ایرانی مورد بررسی قرار گرفت. نتایج حاصل از آنالیز تبارشناسی این جدایه‌ها نشان داد که جدایه‌های ایرانی متعلق به سه گونه N. asiatica، N. iranensis، N. mesopotamica و یک گونه ناشناخته Neopestalotiopsis sp. هستند. همچنین بر اساس نتایج به دست آمده، بیشترین فراوانی بازها مربوط به باز سیتوزین (۲۹.۱% در جدایه‌های ایرانی و ۳۰.۵% در جدایه‌های غیر ایرانی) و کمترین آن مربوط به باز گوانین (۲۱% در جدایه‌های ایرانی و ۱۹.۶% در جدایه‌های غیر ایرانی) بود، علاوه بر این، بیشترین نرخ جایگزینی بازها در جدایه‌های ایرانی به میزان ۸ درصد و در جدایه‌های غیر ایرانی به میزان ۱۷ درصد محاسبه شد.
گونه‌های جنس Neopestalotiopsis در محیط‌های مختلف به صورت بیمارگرهای گیاهی و انسانی، اندوفیت و ساپروفیت قادر به رشد هستند. به منظور تجزیه و تحلیل فیلوژنتیکی و بررسی نوکلئوتیدی ناحیه ژنی tef-1 این جنس، توالی گونه‌های گزارش شده این جنس در ایران با توالی‌های معتبر غیر ایرانی مورد بررسی قرار گرفت. نتایج حاصل از آنالیز تبارشناسی این جدایه‌ها نشان داد که جدایه‌های ایرانی متعلق به سه گونه N. asiatica، N. iranensis، N. mesopotamica و یک گونه ناشناخته Neopestalotiopsis sp. هستند. همچنین بر اساس نتایج به دست آمده، بیشترین فراوانی بازها مربوط به باز سیتوزین (۲۹.۱% در جدایه‌های ایرانی و ۳۰.۵% در جدایه‌های غیر ایرانی) و کمترین آن مربوط به باز گوانین (۲۱% در جدایه‌های ایرانی و ۱۹.۶% در جدایه‌های غیر ایرانی) بود، علاوه بر این، بیشترین نرخ جایگزینی بازها در جدایه‌های ایرانی به میزان ۸ درصد و در جدایه‌های غیر ایرانی به میزان ۱۷ درصد محاسبه شد.
کلیدواژه ها
 
Title
Nucleotide analysis of reported Neopestalotiopsis species in Iran
Authors
Amirreza Amirmijani, Mohammad Javad Pourmoghaddam, Asiyeh Bahari, Kezhal Zaeri
Abstract
The Neopestalotiopsis species can grow in various environments, as plant and human pathogens, endophytes, and saprophytes. For the phylogenetic analysis and nucleotide survey of the tef-1 region of this genus, the sequences of reported Iranian species of this genus were compared with authentic non-Iranian isolates. The results of the phylogenetic analysis revealed that the Iranian isolates are classified into three distinct species: N. asiatica, N. iranensis, N. mesopotamica, and one unknown species (Neopestalotiopsis sp.). Furthermore, the analysis of base frequencies in the studied isolates indicated that cytosine had the highest frequency (29.1% in Iranian isolates and 30.5% in non-Iranian isolates), while guanine had the lowest (21% in Iranian isolates and 19.6% in non-Iranian isolates). Moreover, the rate of base substitution was found to be 8% in Iranian isolates and 17% in non-Iranian isolates.

The Neopestalotiopsis species can grow in various environments, as plant and human pathogens, endophytes, and saprophytes. For the phylogenetic analysis and nucleotide survey of the tef-1 region of this genus, the sequences of reported Iranian species of this genus were compared with authentic non-Iranian isolates. The results of the phylogenetic analysis revealed that the Iranian isolates are classified into three distinct species: N. asiatica, N. iranensis, N. mesopotamica, and one unknown species (Neopestalotiopsis sp.). Furthermore, the analysis of base frequencies in the studied isolates indicated that cytosine had the highest frequency (29.1% in Iranian isolates and 30.5% in non-Iranian isolates), while guanine had the lowest (21% in Iranian isolates and 19.6% in non-Iranian isolates). Moreover, the rate of base substitution was found to be 8% in Iranian isolates and 17% in non-Iranian isolates.
Keywords
Iranian isolates, phylogenetic, rate of bases substitution, tef-1